Medzivrstvové nátery vytvárajú spojovaciu vrstvu medzi základným náterom a vrchnou vrstvou čím zvyšujú mechanickú odolnosť aj ochranu proti korózii. Sú to špeciálne systémy s vyšším obsahom pevných látok a pigmentov. Medzivrstvové nátery často slúžia aj ako bariéra proti vlhkosti.

Medzi tieto produkty patria epoxidové nátery, ako sú Penguard Midcoat alebo Penguard Express MIO, známe svojou schopnosťou vyplniť povrchové nerovnosti a pripraviť povrch pre finálny náter. Medzivrstvové nátery sú ideálne pre rozsiahle kovové a betónové konštrukcie, kde prechod medzi základom a finálnym náterom potrebuje hladké vyvažovanie hrúbky a zároveň silnú ochrannú bariéru. 

Použitie takýchto vrstiev zaručuje stabilitu, dlhodobú odolnosť voči povetrnostným vplyvom a predlžuje životnosť náterového systému.